De Katana 650 is voorzien van een zescilinder MTU-motor met een nominaal vermogen van 477,6 kW (650 pk). Dat is 18,4 kW (25 pk) meer ten opzichte van de eerdere Katana 65. De zescilinder voldoet aan de stage V-eisen. Ook is de hakselaar nu standaard voorzien van een variabele koelventilator. Door de stand van de schoepen te veranderen, past de machine de luchtstroom automatisch aan en kan de ventilator in tegenovergestelde richting blazen.
Voor het eerst is de Fendt-hakselaar nu ook uitgerust met een slijpsysteem. Een slijpsteen is boven de messentrommel bevestigd en slijpt de messen gelijkmatig. Volgens de fabrikant gaan de messen hierdoor langer mee.
